常见的制药废水处理工艺有：预处理+厌氧+好氧+沉淀消*等。由于制药生产废水COD含量高、SS浓度高、成分复杂、无机盐含量高、有*有害物质多、可生化性差、色度高、pH波动大、间歇排放。在进行生物氧化之前，是要进行预处理，使得废水的成分和浓度降解在预定的范围之内。预处理的方法包括混凝沉淀、气浮、过滤、微电解、铁碳-芬顿等，混凝沉淀可以去除废水中大多数的悬浮物，气浮可以分离油脂或颗粒物等，铁碳-芬顿通常是联合起来使用，为了更有效的进行化学氧化。前期的处理，是将不稳定的水量和水质调节为稳定的水量水质，将高浓度的污染物降解为低浓度的小分子物质。
预处理效果好不好直接决定了后期生化反应的效率和成本，除此之外，生化降解应减少外部影响因素，使得废水能够在预定的工艺中最大程度上得以净化处理。常见的厌氧生物处理法包括生物厌氧消化池、上流式厌氧活性污泥反应器（UASB）、厌氧膨胀污泥床等。厌氧反应具有的特点是：有机负荷高、污泥产量低、能耗低。厌氧阶段会产生大量的气体，主要成分包括甲烷和二氧化碳，可以作为清洁能源-沼气来使用。影响厌氧反应效果的主要因素是活性污泥和进水浓度，由于反应负荷比较大，需要注意设备和管材的性能。比如UASB，对水温的适应范围较广，能够长时间保持厌氧污泥微生物活性。现在还有适应范围更广的IC反应器，可以节约处理成本，提高运营效率。
单纯的厌氧反应是很难满足制药废水中污染物降解到预期目标的需求，通常是要和好氧一起作用，才能达到事半功倍的效果。当然，厌氧和好氧并不是简单的串联。好氧生物处理主要包括SBR、氧化沟、深井曝气池和接触氧化法等。对于高浓度的有机物废水来说，常规的接触氧化法是难以满足需求的，而是要进行大量稀释。这样，废水处理成本也就逐步增加了。不仅要消耗大量的清水，还要对更大水量的污水进行降解处理，又增加了处理负荷。那有没有氧化效率高的呢？现在，针对高浓度的废水可以根据情况采用深井曝气池。这是一种高速的污泥处理系统，氧气的利用率大幅提高，很少受到外部环境因素的干扰。占地面积小，效率高，可以降解80%以上的COD。具有较强的耐冲击性能，没有污泥膨胀问题，保温效果好。
生物膜法也是一种高效的处理方法，它具有活性污泥和沉淀过滤的功能。可以有效的保持污泥高效微生物的活性浓度，去磷去氮能力强。此外，序批式间隙活性污泥法（SBR）具有均化水质、无需污泥回流、耐冲击的特点。间歇排放有效解决生产过程中的等待时间，结构简单、操作灵活。占地面积小、投资费用省，运行稳定。适合于间隙排放和水量水质波动大的废水，在处理高浓度废水的时候，需要维持较高的活性污泥浓度。每种设备都有自己的优势和不足，采用适合的工艺设备。在选择好氧处理设备时，需要充分考虑工艺的需求，废水的浓度和生产情况。在增加效能的基础上，降低维护和运营成本。