关于制药废水处理，每个制药生产企业废水的来源和特点是不同的。在具体处理的过程中，必然会遇到各种难题。那么制药废水的难点主要集中在什么地方呢？并不是不能解决，而是在解决的过程中可能会遇到危险，不敢轻易尝试，所造成的内在的困难。理论上都是可以解决的，但实际上却会存在很多问题。比如，生产间歇，制药废水量不稳定。稳定的污染物是显而易见的，是能够通过经验和方法来解决的。套用之前的工艺是有用的，但稍有变化就会造成二次污染，前功尽弃。
了解制药生产厂家的废水产生情况，制定符合生产过程的废水解决方案。在设计的时候，就要考虑情况，不能拍脑袋做决定，一切以实际情况为准。在施工的过程中，稍有问题就要有所记录，并核对设计方案，从根本上避免出现差错。可能施工的一点差错，会导致结果相差很大，最后处理效果不好甚至能耗增加很多。很多制药废水处理，都不想有难题，不仅耽误工期，还会对生产造成损失。制药废水是根据生产原料和中间环节，采用先易后难的措施。在预处理阶段，就是先将诸多问题消灭在萌芽状态。将不稳定的水量变成稳定的，将不稳定的水质变成稳定的水质，将难降解的有机物转化为小分子的无机盐等。
废水处理难处就是不能达到预期的目标，遇到这样的情况需要回过头来看设计和施工的具体细节。如果每一步都能落实到位，还是达不到预期的目标，必然是设计过程忽略了实际情况。预处理阶段引入的化学药剂，也要采用合理的方法进行去除。不能为了消除污染物，而引入新的污染物。处理方案也并非是工艺设备的组合，大致的路线是明确的，在细节上再进行调整。考虑之前成功的废水处理案例，找到特色的优势所在，类似的废水处理流程中可以引用。考虑影响污染物降解反应的诸多因素，不仅要了解化合物的结构和性质，还必须熟悉反应的有利条件。预处理是基础，将污染物浓度降低到一定的程度，再进入厌氧和有氧反应流程。
万事开头难，制药废水处理的难点就是开始的时候。到了最后的阶段，直接套用工艺设备就能有效解决，甚至到了最后开始注重增效降本的问题。而前期的工程，处理的效果有多好，后期就越容易一些。如果处理的废水出现问题，很大程度上是前端处理出现了差错。在后端考验的是设备的性能和药剂的活性，而前端则更多是在物理和化学因素上降低污染物含量。物理方法主要包括过滤、沉淀、气浮等，化学方法包括芬顿-铁碳微电解，絮凝沉淀等。外在环境的变化，会影响到药物处理试剂或微生物的活性，处理效果也会产生波动。考虑可能存在的问题，及时做好预防，防患于未然。