有机磷化工废水普遍存在处理难度高的情况，比如说有机磷农药废水，磷系阻燃剂废水等。多个案例表明，其不仅有机磷废水浓度高、成分复杂，并且比起其他污染物质，有机磷更加难以去除，毒性也比较大。
所有的去除含磷废水方法都是围绕着磷的循环转化过程，使废水中的磷转化为不溶性的磷酸盐沉淀，或利用结晶和吸附作用，或利用细胞合成将磷吸收到污泥细胞中的过程，然后再通过沉淀、过滤等分离手段将这些固体同水体分开，从而将磷从废水中去除。
因此，含磷废水的处理方法有化学沉淀法、生物法、吸附法、结晶法和离子交换法。某有机磷化工废水处理项目针对高浓度有机磷废水采用“化学沉淀法+芬顿氧化法”进行。
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