关于制药废水处理，结合生产工艺种类不同，采取的工艺流程也是有差异的。制药生产废水主要有生物制药、中成药、化学合成药、抗生素制剂等，由于生产工艺复杂，残留的原辅料较多，反应过程中产生的污染物结构复杂，有机物含量高，对微生物有抑制作用，可生化性差，处理难度大。
制药废水处理主要涉及的方法有物理、化学、物化、生化等，预处理阶段常用的工艺设备有混凝沉淀、吸附、气浮、芬顿、铁碳-微电解。氧化阶段包括厌氧和有氧反应，厌氧包括水解酸化、产乙酸、产甲烷阶段、厌氧池反应等，主要用到上流式活性污泥法（UASB）。有氧包括接触氧化，普通活性污泥法、序列式活性污泥法、深井曝气法，生物膜法等。对于废水处理，并不是设备的简单串联，而是需要在设计的过程中，不断优化工艺措施，以达到增效降本的目的。
确定制药废水处理工艺流程，是为了在保证水质的情况下尽可能减少运营成本。预处理阶段，尽可能为后端的生化降解做铺垫。这个阶段看起来比较粗糙，不要一上来就大刀阔斧的进行。方法看起来是简单的，而具体落实下去的时候却是复杂的。需要了解进水的成分和水量，准备要怎么过滤分离，希望达到怎么样的目的，比如浓度，水量等。比如，在混凝沉淀的过程中，为了增强废水颗粒污染物或油脂的去除率，是可以添加混凝剂，通过调节温度、pH值来达到最佳的效果。硬件设施是容易建造的，具体参数和要求处理，是要考验废水处理经验和技术的。每个阶段都是要有科学、有效、准确的数据支持，以便于在后期水量水质变化时候，能够合理的调节和控制。
从工艺流程设计开始就要准确、了解具体的参数，或需要勘察的地方。制药废水处理过程可谓是“差之毫厘，谬以千里”，每个阶段要降解到什么程度，都是要能够控制，通过管理进行调节的。需要参考成功的案例，依据操作经验，但不能完全依靠经验。每种制药废水处理情况都是不同的，这并不是产品生产的过程，将程序提前设置好，而是个性化的定制，遇到这样那样的问题是难免的。确定工艺路线，规划实施方案，落实到操作步骤。整个废水处理过程，除了设备的操作外，更多是参数的控制和调节。需要在实践中总结，不断增长自己的经验。对于设备的选择，不要只考虑便宜。有的设备虽然便宜，在运营的过程中，维护方面投入的精力和成本会增加。比如厌氧设备，对于填料和管材，会有温度和压力的冲击，甚至具有腐蚀性。
废水处理设备更新换代，药剂和材料也是种类丰富。决定废水处理效果的重要因素有很多，特别是预处理的基础作用。预处理效果不好，就会给生化阶段很大压力。COD浓度过高，影响厌氧微生物的代谢，每一步都可能引起连锁的问题。采用什么样的工艺设备，是要有充足的准备的，不要等建好了出现问题才去返修。制药废水处理设备和工程是同步进行的，设备能否有效运转，在工程上不仅要符合标准，更要注意安全。