在制药和化工生产过程中，会产生大量的对环境有毒害作用的废水。这类废水对环境污染，进一步影响到人类的身体健康。生物化学制药及精细化工生产中排出的废水，有机物含量高，分子结构复杂，对微生物有抑制和毒害作用。所以，生化降解难度大，是主要的问题。
制药和化工废水的特征包括：水质成分复杂，副产物多。在反应的过程中，会使用大量的溶剂类物质，原料在转化时会产生多种副产物。部分工业废水的色度高，需要过滤、离心、絮凝、沉淀、电解等手段来进行预处理。生化降解是建立在微生物的基础上，必须要符合生物代谢的条件。如此，废水的重点工作就放在了前端的预处理阶段。当后期的处理工艺已经非常成熟了，能够在前端进行突破和创新，增效降本，节约能源，未来的发展中是大有可为的。废水处理达到了排放标准，生产才能顺利进行。如此，生产和业务才能得到壮大和发展。
废水处理在工艺设计的时候，必须要遵循有效的原则。方法有先后，用量要恰当，防止出现二次污染。在施工的每个过程都要符合标准，才能不脱离设计的工艺，就不容易走弯路。制药和化工的废水处理难度，在工业废水中尤为凸出。处理工艺不应是短期的，而应该有长久的考虑，使得设备运转良好，效果持续改进。在后期的处理中，需要不断改进工艺，节约成本，降低能耗。需要统筹规划，找到优化方案。不能前期建设好了，后面就不管了，甚至在修修补补，停停走走中耽误功夫，浪费资源和时间，那就得不偿失了。每个工厂的废水不尽相同，不能“一刀切”照搬照抄，方法就那么几种，设计出正确的工艺路线，是考验废水处理能力的关键。
根据废水的种类，分析其中的成分，辨别使用方法的效果，降解大分子到小分子，有机物到无机物。比如絮凝、电解、吸附、催化、氧化、稀释等必要的工艺，进行恰当的预处理。破坏废水中难降解的有机物，改善废水的可生化性。然后，使用接触氧化、A/O工艺等，对废水进行深度处理。废水中的元素和含量，达到规定的限制，工艺流程符合标准，就不会担忧废水不达标问题。严格按照工艺要求去做，定期更换配件，实时监测指标，决不能因为设备疲劳或破损而导致废水超标问题。参考同类废水的处理工艺，做出符合实际情况的工艺路线，并确保后期维护和保养到位。
制药废水包括生物、化学、抗生素、中药等。废水中的各个有毒有害的成分，并不是独立存在的。在处理的过程中，需要综合考虑，反应的过程中所产生的副产物。遇到难点是必然的，也是正常的。没有难点的废水，就不需要那么复杂的工艺了。比如，废水中有机物含量高。看是什么类型的有机物，能不能氧化或降解。如果不能分解，可以考虑采用萃取或蒸馏的方法回收利用。能减少添加成分，就尽量减少添加药剂。因为添加的越多，就要想办法去消除或降解。在物理方法上进行突破，能够大幅降低废水二次污染的可能。
如果制药或化工废水中，是含酸或碱比较高，首先可以使用中和的方法进行处理。如果值得回收，再设计回收的工艺设备。一般使用物理、化学、物化、生化等方法，在具体操作中，往往是方法集成化，综合化，统筹化的。多种方法融合在一起，目的是为了起到事半功倍的效果。前期的大刀阔斧，是为了后期生化反应的谨小慎微。大的问题都解决了，小的问题就比较省心了。省心并不是粗心，而更要在细节上去把控质量。如此，才不会功亏一篑。每种工艺设计，都有优秀之处，更有不足或需要改进的地方。需要在实践中去优化，那就能成为自己的特色和优势。