在制药类生产企业中，原料药的废水较为特殊。原料药生产废水的主要特点：成分复杂、有机物含量高、毒性大、处理难度高等。常用的原料药废水处理方法有：溶剂萃取法、吸附法、生物降解法、膜分离法、氧化法等。
原料药废水处理工艺，是要针对每种药物的结构和成分，进行有差异的设计解决方案。每一种工艺，都是多种方法的组合。可能一种方法在整个流程中使用多次，次序是有严格要求的，可谓“动一发而牵全身”，一着不慎满盘皆输。通常情况下，先要对废水进行预处理。比如，使用格栅过滤掉废水中绝大多数的杂质，特别是固体的悬浮物。然后，进入调节池进行水质和水量的调节。调节的目的，是为了使得酸碱度、浓度、温度等符合下一步反应的进行。对废水进行水解酸化，从而大幅度的降低COD和BOD的含量，最大程度上提高废水的可生化性。当使用SBR的时候，反应池中的微生物，可以对废水进行有机物降解。降解之后，就会产生无机盐或沉淀物，采用絮凝沉淀的方法，将固液分离。
此时的废水，要进入氧化池中氧化。氧化方式有很多，常用的是芬顿、铁碳、电解等，经过高效氧化反应之后，就会将废水通入厌氧池或厌氧塔中。去除掉大部分的COD，可以尽可能的保障厌氧池或厌氧塔内厌氧微生物的处理能力，保证处理工艺的进水水力负荷。氧化之后的废水，可以有效降低或去除有毒物质，使得后续的厌氧微生物在处理工艺设备内，保持比较高的活性。下面，我们来讲一下厌氧设备的主要工作原理及特点，以升流式厌氧污泥床（UASB）为例。这是第二代厌氧反应器，这种工艺具有厌氧过滤和厌氧活性污泥法的双重特点，可以将废水中的污染物转化为沼气的一种技术。
当废水被尽可能的引入到升流式污泥床（以下简称为“UASB”）中，先是均匀的在反应器的底部充满。随着废水量的增加，废水会在反应器内部，呈现上升趋势。在上升的过程中，会通过絮状的污泥床。于是，厌氧反应就发生在废水和这些絮状污泥之间。反应的过程中，会产生甲烷和二氧化碳的废气。气体带动污泥和废水一起向上翻涌，搅拌着、翻滚着。如此反复，引起反应器内水力循环。在污泥层的气体，会附着在絮状污泥上，向着反应器顶部上升。
在反应器的顶部，设计了一个独特的结构。这个结构的名字是三相分离器，当携带者污泥废水的气泡，撞击三相分离器中的气体反射板的底部。此时，附着在气泡上的絮状污泥，就会脱离气泡。释放后的絮状污泥，因为重力的作用，会沉积到污泥床的表面，继续进行之前的步骤。而气体会经过集气室的收集，汇总到排气总管，最后接入水封罐内，保证压力，防止回火。