随着绿色生态环境保护力度的不断加大，在制药工业生产过程中，废水处理成为促进经济发展不可逾越的重要环节。在制药废水中，大多数污染物都是高浓度、高含盐量、pH变化很大的有机废水。由于pH变化很大，就给制药废水快速处理添加了很多困难。大家都知道，当进行化学或生物反应的过程中，pH值是影响进程的重要因素。
除了这个问题外，还有很多污染物是带有毒性的，对环境中的微生物有害。这就导致了废水在没有处理的情况下，是很难被生物降解的。现在药物广谱抗菌的比较多，生产中的废水对水体污染很厉害。比如酚类化合物，重金属，苯类，卤代烃类溶剂等。水污染物包括常规污染物和特征污染物，包括TOC、COD、BOD5、SS、pH、氨氮、总氮、总磷、色度、急性毒性、总铜、挥发酚、硫化物、硝基苯、苯胺、二氯甲烷、总锌、总氰化物和总汞、总镉、氨基汞、六价铬、总砷、总铅和总镍。
在制药废水中，残留很多药物，中间体或其他化合物。这些污染物具有高毒性，如果处理不恰当，不小心进入水体，很容易导致生态链遭到破坏。水体富营养化，对人的健康也会造成很大威胁。现阶段，使用在制药废水处理中的方法，总体上来说，可以分为物理法，化学法，物化法，生化法等以及其他的组合。刚开始的高浓度的有机废水，是不适合好氧生物进行降解的。很多的制药企业会选择厌氧生物处理高浓度的有机废水，在无氧或缺氧的条件下，厌氧菌以废水有机物为原料，能够快速进行新陈代谢，最终会转化为小分子的无机物、二氧化碳、氢气、甲烷等。在此过程中，COD的含量还很高，需要通过好氧的方法进行彻底处理。
在厌氧生物处理工艺中，主要有升流式厌氧污泥床反应器等。升流式厌氧污泥反应器，也可以叫做UASB。这种设备的结构简单，处理能力强，运行稳定。一般采用厌氧塔的形式，在设备内形成稳定的微生物，处理效率高，可以反复循环进行。UASB设备的关键部分是三相分离器，目的是为了使得液、固、气体能够快速有效的分离。分离的目的使得污泥和气体被收集和去除，从而达到处理污水的目的。
污水在厌氧反应器中，如果厌氧消化效率比较高，就不需要使用污泥回流装置。对于不同种类的制药废水，应该采用不同的工艺流程和设备。比如，抗生素等药物，在废水进入厌氧生物处理装置之前，需要进行物理或物化方法进行预处理。厌氧折流板反应器，具有很强的污泥沉降性能，明显的固液分离效果。在田环境的IC反应器是在UASB反应器的基础上，开发出来的一种超高效的反应器，性能稳定。广泛应用在食品、生物、药业、造纸印染等行业的污水处理。